Évaluer le rôle d’interactions SNP-SNP dans les gènes associés aux voies de réparation, de modification et du métabolisme de l’ADN dans la prédisposition au cancer du sein

Journal : PLoS One | Date : juin 2013 | Auteurs : Sapkota Y, Mackey JR, Lai R, Franco-Villalobos C, Lupichuk S, Robson PJ, Kopciuk K, Cass CE, Yasui Y, Damaraju S.

Des études d’association pangénomiques (GWAS) ont permis d’identifier des variants à faible pénétrance fréquents (c.-à-d., polymorphismes mononucléotidiques [SNP]) associés à une prédisposition au cancer du sein. Bien que les études d’association pangénomiques soient principalement axées sur les effets de locus uniques, on présume que des interactions gène-gène (c.‑à‑d., épistasie) contribueraient aussi aux risques génétiques de maladies complexes, notamment le cancer du sein. Même s’il a été avancé que dans les GWAS, des locus uniques ayant des effets faibles de portée statistique modérée (valeur p) pourraient potentiellement fournir des renseignements précieux pour évaluer l’épistasie, les efforts systématiques visant à étudier les SNP affichant des associations constantes avec une portée statistique faible en suivant toutes les étapes de découverte et de réplication indépendantes font défaut. Les objectifs de cette étude consistaient à i) sélectionner des SNP ayant des effets associés à un locus unique d’une portée statistique faible dans le cancer du sein dans une étude GWAS et/ou des études sur des gènes candidats; ii) répliquer ces SNP dans un groupe indépendant de cas de cancer du sein et de témoins; et iii) examiner les interactions SNP-SNP potentielles contribuant à la prédisposition au cancer du sein. Au total, 17 SNP associés à des gènes participant aux voies de réparation, de modification et du métabolisme de l’ADN ont été sélectionnés parce que ces voies faisaient l’objet de connaissances a priori sur les interactions épistatiques potentielles et leur rôle général dans la carcinogenèse du cancer du sein. L’étude portait principalement sur des femmes de race blanche (2 795 cas et 4 505 témoins) de l’Alberta, au Canada. Nous avons observé deux interactions SNP-SNP bidirectionnelles (APEX1-rs1130409 et RPAP1-rs2297381; MLH1-rs1799977 et MDM2-rs769412) dans un modèle de régression logistique qui révélait des risques accrus de cancer du sein.

Modifiez vos coordonnées

Vous avez déménagé, changé de numéro de téléphone ou changé d’adresse électronique? Dites-le-nous! Comme notre étude s’échelonne sur une période de 30 ans, il est important que nous puissions rester en contact avec nos participants. Cliquez ici pour mettre à jour vos informations


Visit Us On TwitterVisit Us On FacebookVisit Us On YoutubeCheck Our Feed