Nouveaux polymorphismes candidats potentiels identifiés dans le cadre d’une étude d’association pangénomique sur la prédisposition au cancer du sein

Journal : Hum Genet| Pages : 529-537 | Date : octobre 2011 | Auteurs : Sehrawat B, Sridharan M, Ghosh S, Robson P, Cass CE, Mackey JR, Greiner R, Damaraju S.

Des études d’association pangénomiques (GWAS) antérieures ont révélé qu’un certain nombre d’allèles étaient associés à un risque de cancer du sein. Cependant, les variants mis au jour jusqu’à maintenant ne contribuent qu’à une faible proportion du risque de la maladie. Notre étude d’association pangénomique visait à identifier de nouveaux variants liés à une prédisposition au cancer du sein et à reproduire ces résultats dans une cohorte indépendante. Nous avons réalisé une étude d’association en deux phases auprès d’une cohorte de 3 064 femmes de l’Alberta, au Canada. Durant la phase I, nous avons interrogé 906 600 polymorphismes mononucléotidiques (SNP, de l’anglais single nucleotide polymorphism) sur des biopuces à ADN Affymetrix SNP 6.0, à partir de 348 cas de cancer du sein et 348 témoins. Nous avons eu recours à des tests d’association à locus unique pour établir la portée statistique des différences observées au chapitre des fréquences alléliques entre les cas de cancer et les témoins. Durant la phase II, nous avons tenté de répliquer 35 marqueurs significatifs identifiés durant la phase I dans le cadre d’une étude indépendante portant sur 1 153 cas et 1 215 témoins. Le génotypage des échantillons a été effectué au moyen de la plateforme de séquençage Mass-ARRAY iPlex de Sequenom lors de la phase II. Six locus provenant de quatre régions différentes (chromosomes 4, 5, 16 et 19) ont affiché des différences statistiquement significatives entre les cas de cancer et les témoins tant à la phase I qu’à la phase II, et aussi durant l’analyse commune. Les variants identifiés provenaient des régions EDNRA, ROPN1L, C16orf61 et ZNF577. Les analyses communes présentées issues de l’étude à deux phases n’étaient pas significatives après une correction pangénomique. Les SNP mis au jour dans le cadre de cette étude pourraient servir de locus candidats potentiels pour étudier le risque de cancer du sein lors d’une autre étude de réplication de phase III auprès de la population de l’Alberta ou d’études de validation indépendantes auprès d’autres cohortes de race blanche.

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21424380

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